エンジンとマフラーをつないでいるボルトを締めすぎて頭をねじ切ってしまったんですが、残ったボルトを抜くことはできますか？　もしお店でしかできないようでしたら大体の相場を教えていただけますか？

折れた先がどの程度の残っているか・ボルトのサビ付等はないか…云々で状況は異なります。
どう抜くかは文章で表現する程の文才が無い為ここでは教えられません（「技」ってやつです）
抜けない場合はドリルで穴あけしてネジを切り直す方法もあります（最悪はシリンダを外しての作業も考えられます）作業の方法・状況でケースバイケースなので相場は答えかねます。
ただ一言「プロは抜きます！」

回答ありがとうございます。自分では無理のようなので近所のショップに相談してみます。