フィルター掃除前がベストだったのであれば「つまり気味」でセッティングが出ていたのだと思います。空気の流入量が変わることにより燃調も変わります。セッティングのやり直しですね。
（エアクリーナーはドライタイプ以外は適度なオイルが必要です。これによっても吸気効率に変化が！）