ジョグをボアアップしようと思いさっきやったんですがサークリップがなかで曲がってしまい気にせずやっていました。プラグを８番にしてパワフィルにＮＲマジックのマフラーにしＭＪを２３番あげてエンジンをかけたらエンジンはかかったんですがアクセルをはなしたらとまってしまいＭＪを５番さげてエンジンをかけようとしたらかからないんですが何が原因でしょうか？

まずはプラグの点検＞かぶっているならセッティング不良。プラグを交換してもエンジンがかからない場合サークリップの脱落＆噛み込みによってシリンダ内部傷つき等が原因の圧縮不良。キャブのセッティングについてはマフラーとの相性なども大きく関係するのでマフラーメーカーに相談して見ましょう。

シリンダーが傷ついた場合シリンダーはかえなきゃいけないんでしょうか？

傷の深さ次第。軽い傷ならホーニング加工（磨き）
ある程度の傷はボーリングで更なるボアアップ。
補修用のオーバーサイズ・ピストンが無い場合は交換でーす

やすりでみがけば大丈夫でしょうか？たいしてエンジンかけてないのに傷がつくことってあるんでしょうか？

まずは点検です。傷があるかどうかを見ての話です。
傷つく原因としてはサークリップが脱落・ピストンリングの組み付け不良・組み付け時オイルの塗布不足で
先やきつき等。

まだ１メートルも走ってないのに焼きつくことはあるんでしょうか？あとやするときは何を使えばいいんですか？

800番の紙やすりでよかったと思います。
削るときは横方向に削ってください。