このたび、ジョーカー９０にZEROのオールウェザータイプのパワーフィルターを取り付け、セッティングを出したのですが、なぜか不思議なことに、メインジェットやスロージェットの番数を純正より下げなくては
かぶってしまうようになりました。
自分的には、燃費は良くなったし、加速の谷もなくなったしで、大満足なのですが、なぜ空気の量が増えたはずなのに燃料は濃くなったのでしょうか？
考えられる理由をお教え願えたら幸いです。

バランスなのです。
　吸気効率が上がることによって、キャブレター内での
流入速度が上がりジェットから吸い上げる燃料の量が
増えた場合に今回のようなことが起こります。
また、単純に混合気を増やセル環境を作っても受け取る側（エンジン）が欲しがらない以上は、「小食」の「おちょぼ口」に無理やり大食いさせる状況と同じなので結果としては下痢（燃費最悪）＆嘔吐（かぶる）になります。
　【バランス=セッティング】の一語に尽きますねー