セルが回らない時があります。バイク屋さんで調べてもらったところ、バッテリーと充電機能に異常は無いそうです。キルスイッチの配線のある場所のフタが脱落していたそうです。そこから水が進入して誤動作さたのでは？って言っていましたが本当でしょうか？何か他にも原因がないでしょうか？

他に考えられるとすれば、単純な所ではセルボタンの接点の接触不良（汚れ・サビ・減りなど）可能性は少ないけれどスタータリレー・セルモーターの不良って所でしょうか。ショップでは当然その辺もチェックしていると思うので心配ならば聞いてみては？
HONDA車はキルスイッチ作動中でもセルは回るので、最初に書いたセルボタンの接点不良が最有力！（他にはｷｬﾌﾞｵｰﾊﾞｰﾌﾛｰやｵｲﾙの入れすぎによる異常圧縮で回らないって事もあります）