ブレーキローターの錆をおとしたいのですが
何で落とすといいでしょうか？

ワイヤーブラシや紙やすり等。
間違ってもクレ556等 防錆潤滑剤は使わないように。
（説明不要と思いますがブレーキが効かなくなります）

錆取りの、ケミカルは使わない方がいいのでしょうか？３年寝かしたバイクで車庫保管です。
錆取りをしてから、ブレーキパットを交換の予定です。アドバイスお願いします。

サビ取りケミカルは、アリです。
作業としては、上記の回答（物理的方法）が早くて確実です。ケミカルとの併用も有効です。