２５０TRですがスカチューン後、キャブのMJをノーマルから１４５に交換して試し走行を１時間程してそのときは何の問題もなかったのですが、翌日走行してみると停車時エンジンが止まったりアクセルを戻したときにパンパンとアフターファイヤーするようになってしまいました、これを改善するにはMJを上げるだけでなくPJ、PS等変更したほうがいいでしょうか？
プラグは１部分若干白いのかな？位です。　

ですね。
ちなみに自分用にセローをスカチューン仕様にしたときはPJは当然アップしましたがメインジェットは最終的に40番アップでようやく正解が出ました。
車種によってはｷｬﾌﾞの口径・ガソリン室の容量などで
正解が出ない物も当然ありますので地道に試すかありません。（必ずしも大きくするとは限らない・逆もあり）セッティングの目安表をメンテナンスページやQ&Aに載せていますので参考にして下さい

返答ありがとうございます。
その後MJを１４５→１５０、PJをノーマル→４０に変更したところアフターバーンは解消されました。　が、信号などで急な減速をしてクラッチを切るとエンストするような症状がちょこちょこ出ます。目安表を見ると濃いので緩める、PJを下げるとありますがプラグは白っぽいのでよく分からなくなってしまいました。どんな対策があるのでしょう？

キャブのセッティングは一日にして成らず。
季節や天気でも変わります（マフラーも当然関係します）
乗り手の癖や好みでも正解は違います。
覚悟を決めて色々試してみるしかありません。
100点満点のセッティングを求めるとノーマルは凄いなぁ〜ってのが感想です。